מטרת הפאזל היא למלא רשת בספרות, 1 עד 4 עבור רשת 4×4, 1 עד 5 עבור 5×5, וכן הלאה... בדומה לסודוקו, כך שאף ספרה לא תופיע יותר מפעם אחת בכל שורה או בכל עמודה. בנוסף, רשתות Mathdoku מחולקות לקבוצות תאים המתוחמות בקווי מתאר עבים (כלובים), והמספרים בתאים של כל כלוב חייבים לייצר מספר "יעד" מסוים כאשר הם משולבים באמצעות פעולה מתמטית מוגדרת (בין אם חיבור, חיסור, כפל או חילוק).